교정치료는 다른 치과치료와 달리 오랜 기간에 걸쳐 진행되므로 치료과정 중 발생하는 여러 구강 내 질환의 원인중 하나로 오인될 수 있습니다. 다음의 문제들은 일반적으로 교정치료를 시행하지 않는 사람에게서도 흔히 발생할 수 있는 문제들이지만 특히 교정치료를 시행하는 경우 좀 더 주의를 기울여야합니다. 그러나 대부분의 경우 환자와 보호자가 담당의의 지시에 잘 따르고 협조한다면 사전 예방이 가능하며 문제없이 치료가 종료됩니다.

▸치아표면의 탈회 : 탈회란 치아표면이 하얀색으로 부식되는 것을 의미합니다. 탈회는 당분이나 산도가 높은 음식물을 과도하게 섭취하거나 잇솔질을 소홀히 하면 누구에게나 생길 수 있는 것이지만 교정 장치를 장착한 경우 잇솔질을 소홀히 하면 발생 가능성이 더 높으며 심하게 진행될 경우 별도의 충치치료가 필요할 수 있습니다.

▸잇몸의 염증 및 퇴축 : 교정장치를 장착하고 잇솔질을 게을리 하면 잇몸이 붓고 피가 나기 쉽습니다. 이런 경우 잇솔질을 충실히 하면 별도의 치료를 받지 않아도 치유될 수 있으나 정도가 심하거나 구강위생 관리능력이 부족한 경우 치주, 예방치료를 받아야합니다. 잇몸의 퇴축은 나이가 들거나 구강위생상태가 좋지 않을 때 나타나며 때로는 잘못된 잇솔질 방법에 원인이 있습니다. 

▸치근의 흡수 : 교정치료를 하면 치아의 뿌리가 뼈 속을 이동하면서 흡수되어 짧아질 수 있습니다. 대부분의 경우 교정치료에 의한 흡수의 정도가 경미하여 치아의 수명이나 정상적인 기능을 발휘하는데 영향을 미치지 않습니다. 그러나 갑상선질환과 같은 전신질환이나 드물게 원인불명으로 치근이 심하게 흡수될 수도 있으며, 극히 드물지만 교정치료를 중단하고 신경치료를 하여야 하는 경우도 있을 수 있습니다.

▸턱관절의 장애 : 턱관절의 장애는 정도의 차이는 있지만 전체인구의 70% 이상이 잠재적으로 지니고 있는 것으로 보고됩니다. 현재까지 학술적인 연구에 의하면 교정치료 중에 턱관절 장애의 증상이 나타나면 교정치료에 의한 것으로 의심하기 쉬우나 턱관절의 장애는 교정치료와 직접적으로 관련이 없습니다. 일단 증상이 나타나면 별도의 물리치료나 약물치료가 필요한 경우도 드물게 있습니다.

▸치료기간의 장기화 : 교정치료는 다른 치과치료와 달리 오랜 치료기간을 필요로 합니다. 통상적인 치열교정치료의 경우 2년 전후의 기간이 소요되나 증례에 따라 1년에서 길게는 5년까지의 기간이 소요되며 치료내용 및 환자의 협조도, 생리적 조건에 따라 예상치료기간과 다소 차이가 있을 수 있습니다. 경우에 따라 특정한 약물의 복용이나 전신질환이 있을 경우 치아이동 속도가 느리며 치조골소실, 불특정한 치근흡수 등이 있을 경우 교정력을 조절하여 치료가 장기화 되는 경우가 드물게 있습니다.

▸교정치료의 재발 : 교정치료가 끝나고 재발을 방지하기 위해 일정기간 보정장치를 장착하여야 합니다. 일정기간 유지될 경우 대게 안정적으로 유지되나 치료종료시의 결과가 완벽하게 유지될 수는 없습니다. 그 이유는 치아가 주위의 환경조건(성장발육, 치주질환, 악습관)에 적응하기 위하여 평생 생리적인 이동을 하 기 때문입니다. 교정치료를 하지 않은 성인에서도 이가 움직이는 것은 이러한 이유 때문입니다. 초기 재발의 성향은 증례마다 다양하며 재발 성향이 큰 경우 환자의 협조가 없으면 재발을 방지하기 힘듭니다.  이러한 잠재적인 부작용은 드물게 나타나며 의사의 지시를 잘 이행하고 개인 구강위생을 철저히 한다면 교정치료에 따른 부작용은 극히 경미합니다. 교정의사의 올바른 치료방법과 환자의 협조가 뒷받침 되어 아름답고 기능적인 구강 기능을 회복할 수 있다면 교정치료의 이점이 부작용보다는 훨씬 클 것입니다.